Я – суперорганизм! Человек и его микробиом Тёрни Джон
Тут время вернуться к более узкой группе больных – тех, кто страдает от самых тяжелых влияний C. difficile. Применение метода фекальной трансплантации в случаях, когда другое лечение не приносит улучшений, можно считать противоположной крайностью по сравнению с применением пробиотиков: при фекальной пересадке мы вводим больному не один вид бактерий, а целую экосистему. Исследование кишечного микробиома как экосистемы позволит внести в этот метод несложные коррективы.
Почему? Фекальная трансплантация – подход настолько грубый (хотя иногда и эффективный), что почти любые его изменения будут казаться усовершенствованиями с самых разных точек зрения. Еще одна причина в том, что кишечный микробиом представляет собой экосистему, которую можно в лабораторных условиях поддерживать в подобии нормального состояния, если вы четко понимаете, что делаете.
Это понимает, например, Эмма Аллен-Варко из Гельфского университета в Онтарио. Она исходит из того, что некоторые заболевания связаны с возмущениями в микробной популяции кишечника. Как я уже упоминал в главе 8, для таких возмущений существует медицинский и общенаучный термин «дисбиоз». Однако, по мнению Аллен-Варко, само по себе это не очень-то помогает в исследованиях, ибо «никто толком не знает, что это такое. Нам нужно заглянуть внутрь этого черного ящика».
Каким образом? Можно попытаться соорудить собственный «черный ящик» – точно такой же или похожий. В лаборатории Аллен-Варко применяется модель нижних участков кишечной экосистемы, представленная в виде серии связанных между собой хемостатов. Систему назвали Robogut («Робокишечник»). Эта установка – череда химических сосудов, соединяющихся друг с другом. В них поступают нужные питательные вещества. За сосудами ведется постоянное наблюдение. Всё сооружение занимает примерно шесть футов лабораторного стола и, по словам Аллен-Варко, «может несколько недель подряд поддерживать существование целой микробной экосистемы кишечника».
На выходе, как нетрудно предугадать, получается непривлекательная коричневая жижа. Аллен-Варко предпочитает именовать ее жидким золотом. Систему используют, в частности, чтобы лучше разобраться в том, какие микробы входят в состав здоровой кишечной микрофлоры. Как и фекальная трансплантация, эксперименты группы начинаются с отбора пробы донорского кала. Но установка позволяет делать с этими пробами невиданные вещи. Например, пробы, взятые у разных доноров, можно смешивать и затем видеть, какие микробы будут преобладать в смеси, когда система достигнет стабильного состояния. Если микробная экосистема одного человека в конце концов доминирует над экосистемой другого, такой факт заслуживает дальнейшего анализа.
Главная идея здесь состоит в том, чтобы упростить процедуру терапевтических прививок кишечными микробами. В то же время такой подход позволяет избежать чрезмерного упрощения. Всё начинается с того, что вполне можно счесть жизнеспособными популяционными смесями (они вырабатываются реальным кишечником). «Экология учит нас: не всегда можно тупо взять каких-то микробов, которые никогда не играли вместе, и ждать, что они образуют экосистему», – замечает Аллен-Варко.
Ее хемостат уже дал возможность получить похлебку старательно подобранного состава, пригодную в качестве замены для целого фекального трансплантата. Пробу, взятую у здорового донора, свели к 70 бактериальным штаммам, выращенным с помощью искусственного культивирования. Тридцать три из них отобраны как перспективные кандидаты для формирования упрощенной экосистемы.
Идея подобного применения микробной смеси известного состава не так уж нова. Еще в 1989 году пробовали на дюжине больных, страдавших заражением C. difficile, и смесь эта работала хорошо, но исследование не получило развития. Теперь же, подчеркивает Аллен-Варко, мы внесли в методику принципиальное изменение, «позволив природе заниматься предварительным отбором исходных ресурсов для нашей экосистемы».
Тридцать три отобранных штамма действительно образовали стабильное сообщество в «Робокишечнике», и та же смесь культивированных бактерий позволила вылечить двух больных, зараженных C. difficile и не реагировавших на другое лечение. Впрочем, канадские власти вскоре запретили клиническое использование новой смеси. Пока они размышляют над тем, какие меры требуются для законодательного и административного регулирования таких процедур. Сейчас, когда я пишу это, вопрос остается нерешенным.
Бюрократам от медицины еще долго предстоит ломать голову над тем, как регулировать применение микробных методик такого рода (даже если речь не идет о непосредственном введении пациенту реальных фекалий). Они не очень-то привыкли иметь дело с такой «микробной» терапией. Должна ли каждая новая смесь проходить отдельную сертификацию, которая подтвердит, что данный препарат пригоден для использования людьми? И кто будет ее осуществлять? Можно ли утверждать наверняка, что сложная смесь размножающихся бактерий не изменит свой видовой состав? Если систему законодательного и административного регулирования, разработанную для того, чтобы гарантировать безопасность лекарств и пищевых продуктов, начать применять к таким средствам (а пока этого, кажется, не избежать), то соответствующий процесс согласования процедурных вопросов наверняка будет весьма длительным и неспешным.
Однако упомянутое нами крошечное исследование получило широчайшую огласку отчасти из-за того, что лаборатория решила назвать свой проект RePOOPulate (изобретательно включив одно из английских слов, означающих «кал», в состав глагола, означающего «заселять заново»). О нем сообщил (обычно вполне чинный) журнал Scientific American под бессмертным заголовком «Ученые научились производить искусственное дерьмо». Аллен-Варко считает всю эту шумиху свидетельством правильности основного принципа новой терапии, которую она именует Терапией микробными экосистемами (ТМЭ) (Microbial Ecosystem Therapeutics, MET)[169]. Она мечтает, что когда-нибудь любой врач, получив в свое распоряжение «целый спектр экосистем», сумеет выбрать из них одну – ту, которая больше всего подходит его пациенту. Работа, которая на данный момент проведена Аллен-Варко и ее коллегами, – лишь маленький шажок в этом направлении, но уже сейчас есть все основания полагать, что в будущем такая терапия возможна.
Наш будущий микробиом
А ныне проверяются другие возможные варианты, которые позволили бы заменить полную фекальную трансплантацию каким-то другим методом обеспечения пациента нужными бактериальными консорциумами. Так, в одном из совсем недавних исследований 15 пациентам давали новый продукт, содержащий 15 штаммов бактерий, но в виде спор, помещенных в капсулы, а не в виде живых клеток[170]. Вполне вероятно, что в будущем мы сможем сами изменять наши многообразные сопутствующие экосистемы (экосистемы-компаньоны) так, как нам нужно. Ученые уже столько узнали о том, как они устроены и какую важную роль могут играть, что недостатка к энтузиастах, вовсю рассуждающих о том, какую форму могли бы принять такие изменения, сегодня нет. Давайте же завершим эту главу самыми вольными умозрениями, правда, сделав оговорку: для реализации большинства таких изменений скорее всего потребуются даже не годы, а десятилетия.
Не сомневаюсь, что человеку в конце концов захочется по-настоящему использовать свой микробиом. Некоторые области такого применения будут вполне будничными: для профилактики кариеса (уже сейчас можно попробовать воспользоваться пробиотической жевательной резинкой), дерматита (при помощи пробиотического крема) или угревой сыпи. Еще один вариант – подмышечная микробная трансплантация (она уже в наши дни проходит испытания). Метод придуман для того, чтобы помочь несчастным обладателям зловонных подмышек, пересаживая им кожные бактерии тех, чье тело издает более терпимый запах. Одна из причин устойчивости такого аромата – в том, что обычные антиперспиранты призваны маскировать запах, издаваемый бактериями, а не устранять его. Крис Калверт из Гентского университета вообще обнаружил, что применение антиперспирантов скорее даже увеличивает количество Actinobacteria, являющихся основными генераторами телесных запахов[171]. Калверт, даже обзаведшийся сайтом drarmpit.com («Доктор Подмышка»), сейчас экспериментирует с методиками пересадки бактерий в попытке уменьшить резкий подмышечный запах. Впрочем, результаты этих опытов пока не опубликованы.
Вот-вот должны появиться другие, менее обыденные варианты применения модифицированной микробиоты. Мы пока не можем точно сказать, насколько экзотическими они будут, но кое-какие намеки на будущее развитие этих методов можно уловить уже сейчас.
В сегодняшние СМИ каждый день попадают материалы, где обсуждают плюсы и минусы той или иной диеты, того или иного режима физических упражнений. Возможно, вы, как и я, пытаетесь извлечь какой-то общий смысл из всех этих заявлений и следовать каким-то из рекомендаций; вероятно, вы им уже следуете или планируете вскоре начать это делать. Иными словами, нас всячески убеждают, что мы способны поддерживать собственное тело в более или менее нормальном состоянии. Нельзя сказать, что мы не слышим этого призыва. Конечно, мы предпочли бы всегда оставаться здоровыми – или по крайней мере замедлить свое неизбежное физическое разрушение. Наша реакция на такие призывы как раз и поддерживает многомиллиардную индустрию, производящую и продающую витамины, пищевые добавки, здоровое питание, учебники диеты и тренажеры для упражнений.
Другая ветвь индустрии средств для самостоятельного поддержания хорошего состояния обслуживает наше желание выглядеть привлекательно и модно (или, в моем случае, хотя бы более или менее прилично). Она тысячами тонн выпускает всевозможные парфюмы, восстановители волос и косметику.
Если вы хотите пойти дальше и превратить свое тело в произведение искусства, к вашим услугам самые разные заведения – от ближайшего салона татуировки и пирсинга до самой дорогостоящей клиники косметической хирургии. А может быть, вам захочется испробовать на себе новые и старые препараты, обещающие все на свете – от измененного состояния сознания и улучшения сексуальных возможностей до простой способности дольше не спать, чтобы лучше освежить свои знания накануне экзамена.
Так или иначе, по крайней мере некоторые наши современники готовы применить к себе любую технологию, какая только доступна потребителю в этой сфере. На сегодняшнем языке такие технологии можно обобщающе назвать биохакерством.
По мере того как мы свыкаемся с мыслью, что наше тело представляет собой суперорганизм, поиск новых путей оптимизации или усовершенствования всех клеток, входящих в состав такого суперорганизма, ведется все активнее и серьезнее. Рынок пробиотиков уже сейчас предлагает товары для тех, кто хочет добиться в своем кишечнике самой лучшей популяционной смеси из возможных.
Мы применяем все более изощренные и избирательные подходы к управлению микробиомом. И тут возникает ключевой вопрос: скоро ли мы обратимся к генетическому манипулированию обитателями микробиома? В нашем распоряжении уже не первое десятилетие имеется технология изменения генов. Между прочим, ее начали применять как раз на бактериях. Процветающая ныне биотехнологическая промышленность демонстрирует эффективность таких методов. Возможно, нас ждут микробы, специально выращенные для того, чтобы жить в нашем организме? Как вам такая перспективка?
В каком-то смысле – вроде бы неплохо. Мы с большой осторожностью относимся к генетическому модифицированию, непосредственно направленному на усовершенствование нас самих. (Ах, евгеника! Ах, игра в Господа Бога!) Для проведения экспериментов на человеческих клетках требуются серьезные медицинские резоны, не говоря уж о том, что нужно соблюдать бесчисленные административные предписания.
Но такие ограничения вряд ли коснутся бактерий[172]. Мы знаем, как управляться с их ДНК, и мы знаем, что внутри у нас живет несметное множество бактерий. Так что вполне логично предположить: первый широко распространенный метод применения генетического модифицирования к человеку будет ориентирован не на собственные наши клетки, а на другие компоненты нашего суперорганизма – наших спутников-микробов.
Уже предпринимались попытки создать измененные микробы для использования за пределами кишечника. Например, сейчас можно генетически модифицировать Streptococcus mutans так, чтобы он по-прежнему заселял полость нашего рта, в особенности поверхность зубов, но больше не делал молочную кислоту из сахара. Результат: никакого кариеса.
Есть довольно убедительные подтверждения, что такой подход работает. Однако полномасштабные испытания пока не начинаются из-за решения Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США. В этой почтенной организации сочли, что такие испытания станут полномасштабным экспериментом в области генной инженерии. И хотя это не «человеческая» генная инженерия, результаты эксперимента планируется применить к людям, а общественный климат в этой сфере за последние годы существенно изменился из-за угрозы биотерроризма. Когда первая научная группа, предложившая серьезный эксперимент по проверке средств для профилактики кариеса при помощи генетически модифицированных микробов, вынесла свой проект на суд Управления, этот новый бактериальный штамм немедленно отнесли к категории потенциального биологического оружия[173].
Прошло несколько лет. Компания, которую эти исследователи основали еще в начале 2000-х, по-прежнему описывает данный продукт на своем сайте, но пока нет никаких признаков того, что он поступит на рынок[174]. Возможно, более удачный вариант – жидкость для полоскания рта, содержащая определенный антимикробный пептид, способный уничтожать S. mutans, не причиняя вреда остальным компонентам орального микробиома[175].
Все та же компания, где генетически модифицируют S. mutans, вместо того чтобы пытаться совсем избавиться от этой бактерии, продает оральные пробиотики для людей и домашних животных (если хозяин животного захочет порадовать своего питомца таким средством). Законодательные и административные ограничения (по крайней мере в США) не позволяют педалировать тему здоровья при продвижении пробиотиков в качестве пищевых продуктов, так что основной упор в рекламе делается на косметический аспект (даже для домашних животных). Один раз в день посыпайте вашего пса патентованным порошком из трех микроорганизмов или добавляйте это же средство в кошачий корм – и ваш зверь будет демонстрировать куда более завидное здоровье, чем прежде, а зубы у него станут еще белоснежнее.
Может быть, по мере того как такие товары будут становиться более знакомыми широкому потребителю, удастся преодолеть барьеры на пути более активного применения генетически модифицированных организмов? Или такие инициативы по-прежнему будут вязнуть в трясине административных установлений? Возможно, мотив «помогу себе сам», лежащий в основе потребления значительной доли здорового питания и пробиотиков, удастся перенести и в область домашних генетических манипуляций, ведь уже в наши дни эта технология сравнительно доступна. То, что мы в 1970–1980-е годы приучились называть генной инженерией, теперь именуется синтетической биологией. А значит, производство новых организмов для реализации «человеческих» проектов (то есть проектов, напрямую направленных на усовершенствование человека и/ или его состояния) – это теперь лишь вопрос техники? Тут есть крупица истины, во всяком случае применительно к бактериям; специалисты по синтетической биологии (назовем их биологами-синтетиками) разрабатывают все новые и новые стандартизированные «биокирпичики». Из таких строительных элементов можно постепенно сложить общий для всех желающих набор, который позволит конструировать микробов с ДНК-модификациями, специально предназначенными для выполнения конкретной задачи. Такие задачи могут быть самыми разными. Подход больше напоминает тот, что свойственен хакерам или разработчикам программ с открытым кодом, чем методы молекулярных биологов старой школы (хотя среди них всегда существовала традиция делиться друг с другом бактериофагами и штаммами E. coli).
Здесь сталкиваются две противоположных тенденции, что создает почву для конфликтов. С одной стороны, сообщество биохакеров заинтересовано в том, чтобы использовать инструменты молекулярной биологии (в числе прочих) для реализации собственных проектов. На странице Википедии, посвященной биоэнтузиастам, работающим в Лондонском хакерском пространстве в Хакни (да-да!), сказано: «И эта сфера, и сообщество тех, кто в ней задействован, постоянно растут, как растет способность любителей делать самые удивительные вещи».
С другой стороны, составление универсального набора для манипуляции ДНК с целью изменить гены кого бы то ни было, даже просто нескольких бактерий, может привести к вам в дом оперативную антитеррористическую группу в защитных костюмах, готовую выбить дверь и предъявить ордер на ваш арест и конфискацию вашей домашней лаборатории[176].
Тут есть любопытный поворот. Возможно, такая забота о безопасности ускорит развитие лабораторий, которые открыто действуют в университетских кампусах, а не таятся где-то в глухих кварталах. Биолог-синтетик Джефф Тейбор занимается в Университете Райса (штат Техас) созданием штаммов E. coli, которые когда-нибудь смогут, к примеру, обнаруживать метаболические изменения в кишечнике, откликаясь на них синтезом веществ, способствующих профилактике ожирения. Фантазия? Управление военно-морских исследований США явно считает иначе. Недавно оно выделило грант в размере полумиллиона долларов на поддержку этой работы Тейбора[177].
E. coli, эта неутомимая рабочая лошадка, сейчас является главным объектом для биологов-синтетиков; такие исследования требуется начинать с чего-то широко распространенного и неплохо изученного. Поэтому и работы над возможным приложением подобных изысканий к человеческому организму фокусируются в основном на том, что может сделать одна бактерия, а не на (к примеру) изменении всей структуры микробного населения кишечника. Впрочем, даже работа с одной бактерией порождает некоторые амбициозные идеи. Пока они касаются главным образом применения таких исследований в здравоохранении. Джон Марч из Корнеллского университета предполагает: возможно, мы сумеем добиться, что при необходимости E. coli будет подавать сигналы стволовым клеткам кишечника, чтобы те в процессе созревания превращались в клетки, вырабатывающие инсулин. Это могло бы стать своеобразной компенсацией при уменьшении числа островковых клеток в поджелудочной железе.
Ученый подчеркивает, что принцип здесь используется общеприменимый. Не помешает процитировать сайт его лаборатории, чтобы получить кое-какое представление о размахе амбиций биологов-синтетиков. Марч и его коллеги стремятся «разработать кассеты модульной экспрессии, которые будут реконфигурировать определенные микроорганизмы, чтобы те проводили безопасный и эффективный синтез внутри млекопитающего-хозяина».
И далее: «Мы превращаем энтеробактерии в эффективные клеточные фабрики in vivo[178], откликающиеся на определенного рода молекулярный дисбаланс синтезом необходимого корректирующего вещества-лекарства. Для всех подобных методов клеточной терапии необходимо точное определение содержания молекул, на которые направлено воздействие применяемых микроорганизмов, беспроблемное сосуществование таких микроорганизмов с организмом-хозяином и достаточный уровень регулируемой экспрессии генов». Иными словами, они надеются перестроить бактерии так, чтобы те могли чувствовать, когда внутри у вас что-то не так, вырабатывать нужное лекарство и доставлять его в нужное место, и все это – в одной самоподдерживающейся клеточной упаковке. У вас смелые планы, ребята!
Амбиции ученых могут оказаться еще масштабнее, если расширить определение терапии. Представьте себе нетипичный случай: чей-то кишечный микробиом оказался заселен пивоваренными дрожжами. Результат: «синдром аутоферментации», при котором потребление продуктов, содержащих сахар или крахмал, приводит к интоксикации алкоголем в процессе пищеварения. Сообщается о подобных случаях необычно обильного роста дрожжей внутри человека после приема мощных доз антибиотиков или вследствие подавления иммунной системы. Однако мы уже знаем, что при обработке организмом многих лекарств играет важную роль нормальный микробиом. Может быть, удастся его модифицировать, чтобы он при необходимости не только обрабатывал, но и вырабатывал лекарства? Возможно, первые сторонники такого метода найдут в себе смелость выпить бактериального коктейля, прежде чем отправиться на вечеринку. А прибыв туда, лишь пригубить напитки, которые требуются их новым микробам для того, чтобы ввести хозяина в состояние экстаза. Некоторые уже сейчас с большим энтузиазмом проводят самодеятельные эксперименты, чтобы, не нарушая законов, достичь наркотического опьянения. А представьте, что на рынке появится комбинация вполне легального пребиотика и микроба, который метаболизирует его во что-то более интересное с фармакологической точки зрения. Как власти будут регулировать такие вещи? А ведь подобные изобретения повлекут за собой определенные последствия.
Снаружи внутрь
Для тех, кому не хочется допускать модифицированные бактерии на микробную вечеринку, постоянно проходящую у нас в кишечнике, есть и другие методы. Конечно, полная фекальная трансплантация никогда не взлетит на вершину хит-парада, но возможны способы пересадки биоматериала, не столь трудные в применении. Страдающие хроническими ушными инфекциями могут попробовать пересадить себе немного ушной серы, взятой у более удачливого приятеля. Женщины с вагинальными инфекциями, возможно, не будут возражать против получения вагинальных мазков, взятых у здорового донора. Первая демонстрация родственникам новорожденного может превратиться в настоящий микробиомный праздник, когда семья будет изо всех сил стараться, чтобы все присутствующие как можно больше тискали и обнимали младенца. Особо приветствуется, если вы явитесь на такой праздник с собакой.
Следующий шаг – продукты личной гигиены, которые поддерживают существование нужных бактерий. Уже сейчас разработан кожный аэрозоль, призванный заменить мыло и дезодорант. Его испытывают на себе несколько отважных журналистов[179]. Компания AOBiome, выводящая его на рынок, заявляет, что ее патентованные аммонийокисляющие бактерии «хорошо зарекомендовали себя в клинических испытаниях как косметическое средство для придания человеческой коже большей привлекательности с точки зрения как внешнего вида, так и нашего самоощущения». Месячный запас средства предлагается по цене 99 долларов, но масштабы производства пока слишком малы; на препарат стоит трехмесячная очередь (для заказов из США).
Пойдем еще дальше. Вообразите себе, как в будущем мы станем опрыскивать наши жилища бактериями, а не дезинфектантом; приносить в больницу домашнюю ферментированную пищу, специально предназначенную для выздоровления кого-то из наших близких; перед свиданием мазать за ушами хитроумной смесью бактерий, чтобы резко усилить выработку феромонов нашим телом. Как подсказывает эта картинка микробиомного праздника, будущие сферы применения нашего микробиома станут формироваться под влиянием социальных, а не только научных или технических достижений. Коммерческие соображения тоже внесут свою лепту. Бактериальный спрей для кожи будут рекламировать как средство, помогающее укреплять здоровье всей семьи. Предметы, которых вы часто касаетесь (скажем, руль вашей машины), будут содержать пробиотики, помогающие заботиться о коже; обращайтесь к вашему автодилеру за новой модификацией[180]. Ваш мобильник специально населят нужными вам микробами, предполагает Джессика Грин, специалист по архитектурной среде из Орегонского университета[181].
Какова же будет наша реакция на все? Во многом она будет зависеть от того, как изменится наше отношение к другим аспектам жизни. Некоторые архитекторы-авангардисты и дизайнеры-новаторы уже сейчас радостно экспериментируют с биоматериалами для зданий, причем в самых разных масштабах – от локальных домашних опытов до городского планирования самого широкого размаха[182]. Теоретики вроде Рэчел Армстронг рассуждают о «живой архитектуре», где различные конструкции будут скорее расти, чем строиться. Уже в наши дни проводятся эксперименты с самовосстанавливающимся бетоном, в состав которого включены бактерии, выделяющие известняк. Не исключено, что возможные преимущества таких материалов (экологические, эстетические и даже – кто знает? – иммунные) перевесят нежелание входить в дом, который является не только жилым, но и живым объектом, а значит, в чем-то напоминает нас самих. Может быть, мы станем легче относиться к таким вещам, по-настоящему осознав, что постоянно находимся в микробном взаимодействии со средой? А может быть, те, кто острее почувствуют важное значение своего микробиома, будут с большей настороженностью относиться к встречам с новыми – биоинженерными – материалами, особенно если те «живые»? Неизвестно. Можно лишь гадать.
Отношение человека к микробам меняется, и здесь нас подстерегает еще один конфликт. Нет причин считать, будто все вдруг одновременно изменят мнение и решат возлюбить бактерии или же придут к единогласному выводу, какие виды и штаммы следует поощрять. В будущем нам предстоят бурные дискуссии на сей счет. Их первыми провозвестниками можно считать недавно гремевшие в печати споры об одном микробном продукте, любимом многими, – о сыре. Особенно следует отметить столкновения между регулирующими органами (пытавшимися запретить непастеризованные сыры, поскольку они служат пристанищем патогенов) и любителями сыра, а также сыропроизводителями, стремящимися использовать сырое молоко для получения более вкусных результатов. По мнению одного антрополога, в США Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов считает сыр из непастеризованного молока потенциальной биологической угрозой, кишащей вредоносными бактериями; поклонники таких сыров, наоборот, считают их традиционной пищей, сделанной для нашей же безопасности путем воздействия «хороших» микроорганизмов (бактерий, дрожжей, плесени) на белки, содержащиеся в молоке[183]. Некоторые пропагандисты сыра из непастеризованного молока поддерживают одну из версий гигиенической теории, полагая, что потребление богатого микробами сыра – занятие здоровое, поскольку резко увеличивает видовое разнообразие кишечной микрофлоры.
Нам предстоит стать свидетелями все более активных усилий по формированию домашней или городской среды при помощи биоинженерии. При этом все более тесное наше знакомство с микробиомной тематикой будет влиять на наше восприятие продуктов другого рода – как новых, так и старых. Вероятно, к этому нас подтолкнет включение нашей микробиоты в состав других компонентов нашей биологии и физиологии, за состоянием которых нас призывают ежедневно следить. Представьте, к примеру, «микробный дом», который в 2011 году воображали себе дизайнеры-футуристы из компании Philips. По утрам в ванной вы будете обращаться к услугам целого ряда новых приборов. Например, сенсоров, установленных на зеркале и анализирующих ваше дыхание на предмет характерных веществ. Результаты будут интерпретироваться в сочетании с данными исследования микробных проб, взятых с вашей зубной щетки. Унитаз будет автоматически анализировать образцы мочи и фекалий, а душ станет следить за состоянием кожной микробиоты. И не в рамках оруэлловской антиутопии, а в мире, где «все это составляет часть ежедневного бытового ритуала, являясь инструментом наблюдения за собственным состоянием, компонентом гигиенического процесса, необходимым для приведения себя в достойный вид»[184].
Что там насчет приведения себя в достойный вид? Легко убедить потребителя купить пробиотический порошок, улучшающий состав его кишечных бактерий (можно добавить щепотку в пищу, а можно проглотить капсулу с таким порошком). Но для того чтобы взяться за разведение микробов в других наших экосистемах, потребуется нечто более напоминающее косметику или дезодоранты. Мы втираем лосьоны и пасты, пользуемся аэрозолем, шариковым аппликатором. Согласимся ли мы проделывать этакие процедуры с бактериальными средствами? Некоторые предприниматели уже сейчас относятся к такой перспективе с нескрываемым оптимизмом. Гилад Гоме, основатель калифорнийского стартап-проекта Personal Probiotics, начинает свое интервью сайту Motherboard.Vice.com весьма прозаически, но затем ударяется в буйные фантазии. Он предполагает, что женщина сумеет защититься от инфекций и патогенов мочевых путей с помощью приема определенного пробиотика и бактериальные штаммы, задействованные в нем, можно будет модифицировать, «так что она при желании сможет хакерским способом вторгнуться в свой микробиом и заставить свою вагину приобрести запах роз и вкус диетической колы»[185]. Не знаю, серьезное это предположение или нет. Во всяком случае, оно заставляет обратить внимание на новую фирму.
Биологи-синтетики работают над своими проектами совместно с художниками, дабы заставить нас обратить на них внимание. Некоторые из таких проектов пока носят лишь воображаемый характер. К примеру, вот один такой проект: средство ухода за кожей, которое отправляет живые микробы в небольшую емкость, где они питаются хлопковыми шариками. Микробы, замечают ученые, «могли бы также вырабатывать ароматические вещества, мыло, масляные молекулы, витамины, сигнальные молекулы в сочетании, оптимальном для типа кожи данного потребителя».
Впрочем, в рамках этого проекта удалось реализовать новый вариант применения человеческой микробиоты.
Карта отвращения
Любите ли вы сыр? Некоторым нравится, когда он резко пахнет и когда у него резкий вкус; оба фактора как бы дополняют друг друга. Но даже если вы (как и я) принадлежите к таким гурманам, вряд ли вам по душе «сырные ноги».
Конкретные виды бактерий, издающие соответствующий запах, почти не удается выявить. Так, лимбургский сыр делается с использованием Brevibacterium linens, а ее близнец Brevibacterium epidermis, практически ей идентичный, живет у нас между пальцами ног (если мы ему это позволяем). Выставьте кусок лимбургского сыра за окно, и на него слетятся комары, находящиеся под ложным впечатлением, что сейчас они полакомятся человеческой ногой.
Многие другие сорта сыра получают свой характерный аромат от бактерий, которые могут жить на нас. Мы никогда не узнаем правды, но представляется вероятным, что от человека они и попали когда-то в чаны для изготовления сыра. Их наличие в нашем рационе показывает, насколько сильно зависит от контекста наша реакция на запахи и вкусовые ощущения, ассоциируемые с распадом и тлением.
Научно-художественное сотрудничество, о котором мы упоминали выше, простирается и на изучение подвижности границы между «ням-ням» и «бр-р-р». Кристина Агапакис и Сиссел Толлас, вместе составляющие одну из групп проекта «Синтетическая эстетика», использовали микробов, взятых с кожи участников эксперимента (из подмышек, с кистей рук, с пальцев ног, из носа), для ферментации молока[186]. Исходная жидкость представляла собой «цельное натуральное пастеризованное молоко» (пусть это вас обнадежит). Смесь оставили на ночь. Утром исследовательницы обнаружили, что в ней начал образовываться сыр. Тогда они поступили, как настоящие сыроделы, и отделили створоженное молоко от сыворотки. Конечным результатом стал набор из восьми сыров, «не выдержанных шедевров мастеров-сыроваров, а лишь микробных набросков, передающих часть экологического разнообразия разных тел и разных частей тела». По словам исследовательниц, сыры эти «издавали широкую гамму ароматов».
Неразумно было бы пробовать их на вкус, поскольку никто не знал их исходный бактериальный состав. (Впрочем, позже каждый из них подвергли детальному анализу.) Когда во время лекции эти сыры передали аудитории, чтобы их понюхали, реакция оказалась весьма примечательной. Дейзи Гинзберг, одна из вдохновительниц (и участниц) эксперимента, вспоминает: «Их передавали по рядам, все осторожно принюхивались в каждому сыру, некоторые даже пытались отличиться, изо всех сил изображая объективность и делясь соображениями насчет «ноток аромата» со своими соседями. Другим же эти маленькие, белые, влажные куски казались чем-то переходящим все допустимые границы приличия». Она лукаво отмечает, что «Подмышку Дейзи» признали наиболее благоуханным сортом «со свежим ароматом, напоминающим йогуртовый».
Слушатели лекции (проходившей в цитадели гиков – бостонском Массачусетском технологическом институте: может быть, в этом заключена какая-то скрытая ирония?) в целом реагировали довольно-таки настороженно, а вот персонал одного берлинского сырного магазина, тоже понюхавший образцы, остался «на удивление невозмутим», когда после завершения запаховой дегустации узнал, каким образом эти сыры произведены. Кристина Агапакис обнаружила также, что человек обычно менее склонен испытывать брезгливость к «собственному» сыру, чем к тому, который сделан при помощи бактерий, взятых у кого-то еще.
Ослабнет ли отвращение, если вы ближе познакомитесь с микроорганизмами и с тем, как они делают свою работу? Пока можно лишь процитировать слова современного фантаста Брюса Стерлинга: «Нам очень не хватает позитивного взгляда на веселое и животворящее заражение нашей плоти крошечными микробами». Но и он предвидит сдвиг культурно-цивилизационной парадигмы, который непременно произойдет, когда люди больше узнают о микробиоме. По его мнению, в будущем мы «полюбим микробов, потому что они любят нас»[187].
Насколько быстро это все произойдет? Кто знает… Микробиомное будущее наверняка будет отличаться от микробиомного настоящего, ведь мы все лучше понимаем важность микробиома и механизмы его работы. Впрочем, давайте вернемся к тому, что он означает для нас сегодня.
Глава 12. Я – суперорганизм?
Моя жизнь – своего рода палимпсест. Впрочем, ваша тоже. Начнем с того, что я – существо биологическое. Я – животное. У меня есть животные потребности. Однако я испытываю их сквозь перекрывающиеся слои культурных, социальных, технологических сетей. А при моем образе жизни (вероятно, и при вашем тоже, если только вы не относитесь к числу активно тренирующихся спортсменов или не страдаете тяжелой болезнью) социальное и культурное обычно кажется более значимым.
Какая же польза от того, что я буду больше знать о какой-то биологической части себя, которая к тому же состоит из микробов? Приступая к этой книге, я предположил, что исследования, проводимые в данной сфере, используют характерный современный подход, рассматривая микробиом как богатейший источник информации. После некоторого изучения того, чем сейчас занимаются исследователи и как они это делают, могу подтвердить, что информации по этой части действительно много – явно больше, чем я мог бы уместить в одну книгу. Но ведь в наши дни полно информации практически обо всем. Вот почему следует решить, насколько важна именно микробная информация (на фоне всей прочей) и на какие детали здесь следует обратить особое внимание.
В каком-то смысле микробиом – штука ошеломляющая: столько крошечных клеток! И тот коллектив, который они образуют, невероятно сложно устроен. Добавьте к этому стремительное появление новых публикаций. Глупо притворяться, будто я уже сейчас знаю ответы на все вопросы или хотя бы на изрядную их долю. Однако я попытаюсь изложить то, что узнал, тремя путями. Читая обзоры и слушая ученых, я понял, какие вопросы сейчас считаются наиболее интересными. Так что вкратце остановимся на них. Кроме того, мне хотелось бы вернуться к идее, с которой я начал, и обратить ее в финальный Большой вопрос: действительно ли я – суперорганизм? (И что я сам об этом думаю?) Но сначала позвольте дать вам несколько советов. Вы прочли почти всю книгу и теперь сами можете определиться, считать ли их советами знатока.
Управление современным микробиомом
Перед вами не очередной учебник правильной жизни. По крайней мере, мне так кажется. Но, готовя эту книгу, я все-таки узнал некоторые вещи, убеждающие меня в том, что понимание ведет к правильному действию.
Вот что касается диеты. Все, что мы пока узнали о микробиоме, позволяет увидеть немалую мудрость в краткой формуле Майкла Поллана, автора книг о здоровой пище. Он дает лучший в мире совет насчет того, что класть на тарелку: «Ешьте не очень много, главным образом растения»[188].
Многие добавили бы еще одно: старайтесь, чтобы часть вашей пищи была ферментированной. Правда, я по-прежнему сомневаюсь, так ли уж это необходимо. Не исключено, что лучше стараться есть как можно больше различных видов растительных волокон (клетчатки) – в качестве пробиотика – и таким путем способствовать поддержанию «кишечника равных возможностей» (подразумеваются возможности для обитающих в нем микробов). Впрочем, продукты брожения могут приносить добавочную пользу (и, вероятно, не причиняют вреда), так что время от времени добавляйте их в свой рацион, когда вам кажется уместным. Некоторые из них – довольно славные.
Ваш выбор неминуемо будет зависеть от личных предпочтений и от того, насколько легко добыть такие продукты. Меня вполне устраивает йогурт по утрам – Мечников бы одобрил. Я испытываю глубокое, позорное предубеждение, что квашеная капуста – еда крестьянская, а кимчхи терпеть не могу, зато с удовольствием и в неограниченных количествах поглощаю голубой сыр желательно с большим количеством продуктов брожения виноградного сока. Но все это – лишь, так сказать, культурные преференции.
Я в общем-то почти всегда мог похвастаться неплохим здоровьем. Если бы мне довелось страдать болезнью Крона, синдромом раздраженного кишечника или непереносимостью глютена, я бы воспользовался более подробными рекомендациями касательно употребления пробиотиков. Впрочем, наилучший способ узнать, что из пробиотиков способно вам помочь, состоит в экспериментировании на себе. Индивидуальные реакции здесь весьма различны. Советую скептически воспринимать рекламные посулы производителей, зато внимательно следить за тем, какой именно продукт вы пробуете, когда вы это делаете, как при этом меняется ваше состояние (если меняется вообще). Если вам становится лучше, это еще не повод включить опробованный продукт в повседневный рацион. Впрочем, поступайте как знаете. Каждый имеет право действовать на основе тех свидетельств, которые добывает сам. Не стоит ждать особой помощи от чужих советов и наставлений.
Если у вас водятся деньги и вам нравится рассматривать всякие графики, сегодня вполне возможно отслеживать изменения в вашем личном микробиоме по мере того, как вы экспериментируете с диетой. Для этого вы можете обратиться к одному из массовых исследовательских проектов, финансируемых путем сбора пожертвований. Такие проекты сейчас вовсю развиваются. Результаты подобных наблюдений почти наверняка окажутся любопытными. Но их будет чертовски трудно по-настоящему интерпретировать. Опять же решайте сами, как вам быть.
Пробиотики – ладно. Если у вас хронические проблемы с кишечником, вы можете испытывать понятную тягу к другим методам. Мой вам совет (уж не знаю, насколько он ценен): даже не думайте проводить фекальную трансплантацию в домашних условиях. К этому средству прибегают от отчаяния, при болезнях, угрожающих жизни, – скажем, при хроническом заражении C. difficile, единственном недуге, для которого сейчас существуют убедительные доказательства, что такой метод его лечения эффективен. В любом случае применять эту процедуру нужно под наблюдением врача, а донор биоматериала должен пройти предварительную проверку. Если вам повезет, к тому времени, когда вам действительно остро понадобится прибегнуть к такому методу, ученые и регулирующие органы, объединив усилия, все-таки найдут способы создавать стандартизированные смеси бактериальных культур, которые будут проделывать нужную работу и избавят нас от необходимости обращаться к такой рискованной, плохо контролируемой и, давайте уж признаем, омерзительной процедуре.
Теперь что касается младенцев. Есть основания полагать, что роды при помощи кесарева сечения влекут за собой последствия, о которых мы раньше не подозревали или не знали: они меняют состав первой микробиоты новорожденного. Самый простой, безопасный и очевидный способ защититься от таких последствий – вагинальные мазки. Может быть, это не первое, что приходит в голову роженице, только что подвергшейся полостной операции. Кому-нибудь придется обратиться с убедительной речью к акушерке, медсестре или врачу. Но дело того стоит. Может быть, процедуру не обязательно делать так уж прямолинейно и удастся как-то организовать ритуальное помазание, когда родившегося ребенка привезут домой?
Жутко раздражает и деморализует, когда слышишь, что искусственное молоко – не очень-то хорошая вещь, а при этом у вас обширный маммарный абсцесс[189], ребенок, не желающий сосать грудь, или проблемы с молочницей. Но с микробной точки зрения, естественное вскармливание – оптимальный вариант (предлагаю рекламный слоган: «Грудь – лучший путь!»). Со временем появятся обходные пути: в искусственное молоко станут добавлять тщательно проверенные бактериальные культуры и пробиотики. Но до этого все-таки пока довольно далеко.
А как только ваше расчудесное чадо обзавелось хорошо сбалансированным микробиомом, чем меньше вы будете атаковать этот микробиом при помощи антибиотиков широкого действия, тем лучше. Безумная идея – отказываться от этих замечательных лекарств, когда ваш ребенок (или кто-то еще) заболевает инфекцией, угрожающей жизни. Но если болезнь не столь опасна, подумайте об альтернативных методах, даже если бедняжке плохо. Ничего, пройдет. Если не стремиться мгновенно облегчить боль прямо сейчас, иногда можно избежать проблем в будущем.
Медикам тоже не помешает пересмотреть отношение к антибиотикам (этот процесс уже пошел), причем не только в случае детей, но и в случае взрослых, особенно пожилых. Не забудем, что доля пожилых людей на планете неуклонно увеличивается.
Если же говорить о нелекарственных средствах, то всякие новомодные полоскания для рта и антибактериальные мыла скорее всего принесут вам больше вреда, чем пользы. Покрывая прыщавую кожу очистителями с вяжущим действием, вы можете усугубить проблему. (Мне, к примеру, такое никогда не помогало, а у меня был довольно серьезный случай.) Опять же относитесь критически к рекламе, которая неустанно призывает нас не покладая рук дезодорировать и дезинфицировать все поверхности тела и все уголки жилища. Научно обоснованная критика – вещь полезная.
Да, и вот еще что. Позволять фермерам использовать антибиотики не для лечения животных, а для того, чтобы они быстрее набирали вес, – полный идиотизм. Такую практику надо немедленно запретить там, где она еще почему-то разрешена. Между прочим, там, где она запрещена, эти запреты делаются сейчас еще строже.
И наконец, хотя мы берем на себя обязательство не вести войну против микробиома, это не значит, что мы совершенно перестаем заботиться о гигиене. Патогены по-прежнему есть повсюду. Допустим, вы не хотите убирать всех бактерий со своей кожи, поскольку это облегчит ее колонизацию менее желательными видами. Но мыло и вода этого и не сделают; судя по всему, они лучше справляются с удалением микробов, которые на вашей коже еще не прижились. Так что руки по-прежнему следует мыть.
У меня тут кое-какие вопросы
Узнав, что в системе, которая и является мной, и поддерживает мое существование, обитают триллионы микробов, я стал гораздо больше восхищаться биологией. Большинство всех этих процессов и явлений остаются загадочными не в том смысле, что «здесь действуют силы, кои мы не в силах охватить разумом», а скорее в смысле «елки-палки, да тут масса такого, что еще нужно выяснять».
Иными словами, после чтения огромного количества научных статей по данному предмету (всех, до каких я сумел добраться) у меня по-прежнему остаются вопросы. И не удивительно. Мой суперорганизм – штука молодая. Речь, увы, не о моем возрасте, а о молодости самого понятия. Мы уже какое-то время знаем, что содержим в себе микроорганизмы, но нынешние методики изучения микробиома появились не так давно. Подытожив то, что нам сейчас известно об этих наших микроскопических компаньонах и о том, что они для нас делают, я стал отлично осознавать: речь идет о развивающейся области науки. Сегодня исследователи знают больше, чем в прошлом году. А через год будут знать еще больше. Во всяком случае в их распоряжении будет гораздо больше информации, хотя до полного понимания еще ох как далеко.
Надеюсь, вы готовы согласиться, что уже сейчас сделано достаточное количество свежих открытий и находок, чтобы развивать углубленные (а также широкомасштабные) исследования микробиома. Впрочем, остается масса вопросов. Вот некоторые из наиболее важных, ответы на которые, по-видимому, удастся отыскать в течение ближайших нескольких лет[190].
Подтвердится ли существование энтеротипов? О чем они нам могут поведать?
Иными словами, хочется выяснить, существует ли несколько распространенных типов кишечных бактериальных смесей, стабильных и оказывающих нам все обычные услуги, которые мы рассчитываем получать от наших микробов по части пищеварения, обеспечения витаминами и предотвращения болезней. Но здесь подразумевается гораздо более обширный круг вопросов. Насколько сильно проявляется в кишечном микробиоме индивидуальная вариативность? Как эта вариативность проявляется у разных групп людей – выделяемых и по определенным характеристикам микробиоты, и по более традиционным параметрам (таким, как пол, возраст, социальное положение, принадлежность к той или иной этнической группе, кулинарной культуре)? Распутав этот узел, мы существенно продвинемся на пути выяснения того, сколько разновидностей здорового микробиома вообще существует и как выглядят микробиомы нездоровые.
Предложат ли нам «метагенотипизацию» и о чем она может сообщить?
Уже сейчас нетрудно получить приблизительный «моментальный снимок» населения вашего микробиома. Такой снимок можно при желании делать снова и снова. Выполнять более детальный и интенсивный ДНК-анализ, в принципе, конечно, тоже можно, но в настоящее время это неразумно делать вне рамок хорошо финансируемого научного проекта. Впрочем, в эпоху постоянно дешевеющей геномики следует ожидать, что полная распечатка всех генов микробиома скоро станет доступна каждому. Правда, пока не очень ясно, какие советы понадобятся нам для ее интерпретации и, возможно, применения ее в ходе принятия решений, касающихся нашей жизни.
Как нам обращаться с антибиотиками?
Есть веские основания гораздо избирательнее, чем прежде, подходить к прописыванию антибиотиков и их выбору. Следует взвесить два фактора – их воздействие на наших нормальных микробов и постоянно растущую угрозу возникновения новых микробных видов, устойчивых к антибиотикам. Может быть, первый фактор перевешивает, но ученым еще предстоит многое узнать, чтобы научиться извлекать из антибиотиков одни лишь преимущества, оставляя за скобками их недостатки. Например, врачи могут брать пробы кишечной микробиоты перед тем, как выписывать лекарства, чтобы оценить, высока ли вероятность того, что микробный состав популяции, живущей в организме пациента, восстановится после того, как на нее обрушат эту химическую атаку. Впрочем, такое разумно лишь в случае, когда нет необходимости в срочных мерах. Пожилых пациентов могут регулярно проверять на наличие C. difficile, которая в небольших количествах имеется у здоровых людей. Причина проблем с этой бактерией, возникающих в сравнительно позднем возрасте, – вероятно то, что антибиотики позволили уже существующей популяции вырасти гораздо сильнее нужного или же после курса лечения в организме пациента поселился какой-то другой штамм[191].
Когда появятся методы лечения, основанные на новых микробиомных исследованиях, и какими будут эти методы?
Медицину, лечебную и профилактическую, явно ждут усовершенствования, которых добьются благодаря всем этим микробиомным штудиям. Но дорога к тому, что предприниматели именуют трансляцией от лаборатории к клинике или от лабораторного стола к прикроватному столику (попросту говоря, к внедрению), может оказаться долгой. Многие результаты ученым по-прежнему дают лишь мыши. Процедуры, протоколы обработки данных пока далеки от стандартизации, а значит, результаты различных исследований трудно увязывать воедино для формирования общих выводов или подкрепления уже имеющихся умозаключений. Стоит ожидать появления методик типа «проглоти эту штуку – и посмотрим, что будет», которым, по-видимому, сложно будет дать научную оценку. А для более точных исследований наверняка по-прежнему потребуется детальное (желательно на молекулярном уровне) понимание механизма происходящего. В большинстве случаев микробиомные исследования более высокого уровня дают нам лишь версии на сей счет, и эти версии еще нужно дополнительно проверять. Может быть, при испытаниях, проводимых на ранних стадиях работы, будут использоваться метаболиты микробного происхождения или вещества, имеющиеся на поверхности клеток и отделенные от своих родных видов.
Ждут ли нас новые неожиданности при выяснении функций наших микробов?
Да, почти наверняка. Мы (по определению) не знаем, какими они будут. Но с уверенностью выделим одну сферу, где их можно с наибольшей вероятностью ожидать, – эпигенетику, новую модную науку о том, как гены самым тонким и изощренным образом модифицируются уже после нашего зачатия. Эта область быстро развивается. Она приносит массу сюрпризов, касающихся того, как основной ДНК-код, содержащийся в генах, меняется при добавлении своеобразных «комментариев к основному тексту» – дополнительных химических групп, пристраиваемых к нуклеотидным основаниям генетической последовательности (или при их удалении). Подобные изменения, чаще всего включающие в себя пристраивание метильной (СН3-) группы к ключевым участкам цепочки, чем-то напоминают работу с набором опций и установок компьютерной программы. Эти изменения определяют, какие функции и субфункции будут использоваться и когда, а кроме того, кто получит доступ к определенным рутинным механизмам. Они могут влиять на то, будут ли вообще экспрессироваться определенные гены или наборы генов. Эпигенетические маркеры размещаются на тех или иных позициях в результате того, что переживает организм; этот опыт транслируется в клеточные отклики, а те – в трансформации генома. Уже сейчас есть указания на то, что обитатели микробиома способны оказывать эпигенетическое действие в иммунной системе, а возможно, и везде.
Сколько времени уйдет на составление подробной картины влияния микробиома на нашу иммунную систему?
По-моему, самое большое достижение исследователей микробиома на данный момент – то, что эти работы вызвали такие сильные сдвиги в представлениях о происхождении и функциях нашей иммунной системы. Я уже кое-что рассказал об этом. Впрочем, остается масса открытых вопросов насчет мелких подробностей, всех этих «винтиков и гаечек». Как микробы кишечника влияют на дифференциацию иммунных клеток, особенно Т-лимфоцитов? Почему некоторые виды это делают, а другие – нет? Сумеем ли мы когда-нибудь продемонстрировать непосредственное воздействие микробов на аллергии и аутоиммунные процессы, или же так и будем опираться на неясные, но манящие ассоциации?
И наконец что еще нам нужно узнать?
Этот вопрос непременно витает в воздухе, когда та или иная наука вызывает большой интерес. На данный момент общий ответ, который обычно дают применительно к наукам о живом, таков: нам нужно знать, как развивать «системную биологию». Что это такое? Мне кажется, ее нередко обсуждают так бурно, словно речь идет о каком-то чудодейственном ингредиенте или универсальном растворителе, которые позволят нам расправиться со всеми нерешенными проблемами. На самом деле здесь подразумевается изучение того, как разнообразные компоненты сложного организма работают вместе, – что-то вроде многоуровневой суперфизиологии, интегрированной на каждом уровне. Редукционистский подход поможет выбрать конкретную систему для исследования, но всегда наступает момент, когда вам нужно снова попытаться собрать Шалтая-Болтая.
Эта довольно понятная общая цель подхлестнула весьма впечатляющие попытки получить настоящее представление о компонентах живого, дать им четкое определение. Самую простую из клеток, Mycoplasma genitalium, описали при помощи компьютерной модели, где учтен каждый ген этой бактерии, а также все продукты, порождаемые этими генами. Взаимодействия всего этого прослежены на протяжении полного цикла жизни клетки – от новой клетки, только что возникшей в результате дупликации, до следующего деления[192]. Эта гигантская работа позволила заполнить множество пробелов (опираясь на исследования других видов – скажем, E. coli). Пока это лишь первый черновой вариант, разработанный для одной клетки одного вида; получаемые данным методом расчетные результаты по таким параметрам, как содержание конкретных веществ и скорость их синтеза, лишь приблизительно соответствуют тем, которые мы получаем при наблюдении реальных клеток. Однако это серьезная веха на пути к созданию симулятора целой клетки. На другом конце шкалы – довольно убедительная компьютерная модель бьющегося сердца. Его «клетки» координируются электрическими импульсами. Устройство создано на основе исследований, которыми всю жизнь занимается британский физиолог Дэнис Нобл[193].
Даже в наши дни, когда вокруг несметное количество информации практически обо всем, убедительную теорию суперорганизма, выстроенную с точки зрения системной биологии, по-прежнему трудно найти. Похоже, сейчас об этой сфере стали говорить чаще, но сама она как-то ухитряется все больше скрываться из вида. Разработано множество моделей взаимодействий между двумя или тремя видами бактерий, а также моделей их метаболической конкуренции или кооперации. Пока же в общую картину не включены другие аспекты клеточной жизни, например передача сигналов и уж тем более взаимодействие с многоклеточным организмом-хозяином[194].
На данный момент есть рабочие доказательства принципа, показывающего, к примеру, некоторые пути, какими наш кишечник мог бы проводить отбор нужных бактериальных видов. Эти доказательства убедительны главным образом благодаря тому, что в ходе рассуждений применяются колоссальные упрощения. Джонас Шлютер и Кевин Фостер из Оксфордского университета пытаются объяснить, как поддерживается существование сообщества бактерий, приносящих пользу организму-хозяину. Рассуждая теоретически, конкурентными преимуществами обладает любая бактерия, просто пожирающая все питательные вещества, до каких сможет добраться, и при этом не дающая ничего полезного никаким другим клеткам. Такие иждивенцы будут быстрее расти и размножаться, а значит, в конце концов станут доминировать в популяции, тем самым создавая проблемы для теоретиков, стремящихся объяснить, как может поддерживаться бактериальная кооперация. Оксфордская группа показала на математической модели: то, как бактерии концентрируются возле кишечного эпителия, свидетельствует о том, что слабое влияние на их отбор со стороны эпителиальных клеток организма-хозяина (выделение этими клетками ключевых питательных веществ или антибактериальных соединений затрагивает лишь некоторые виды бактерий) может усиливаться и даже противодействовать тем преимуществам бактериальных нахлебников, которыми они должны бы обладать в теории. Впрочем, модель описывает всего два вида, а не тысячи, и не отражает никаких деталей бактериального метаболизма, так что полученные на ее основе выводы – лишь начало пути[195].
Рассуждая о грядущем применении идеальной системной биологии к сложным организмам, можно надеяться, что она сумеет описать взаимодействие четырех великих информационных и контролирующих систем, о которых я говорил раньше, – генетической, гормональной, нейронной и иммунной. Это взаимодействие регулирует метаболизм, а также рост и развитие клеток и тканей. Непросто разобраться в этом многообразии. Новые представления о микробиоме лишь добавляют понятийную и методологическую сложность. Теперь ученым надо оценить, как микробиота влияет на эти системы и как они в свою очередь влияют на нее. Лишь тогда, возможно, мы придем к подлинной системной биологии суперорганизма.
В современных обзорах научных работ встречается множество намеков, указывающих в этом направлении. Но они дают лишь общую перспективу, не показывая путь в деталях. В одной такой работе сказано, что требуется «более всеобъемлющая карта генетических факторов, играющих роль в переговорах между организмом-хозяином и его микробами, а также в межмикробном общении» и «выявлении взаимозависимостей между микробными видами и сетевыми архитектурами кишечной колонизации». Явный реверанс в адрес системной биологии! Вопрос лишь в том, выясним мы особенности суперорганизма благодаря «более всеобъемлющей карте» – или же для того чтобы понять эту систему, будут применяться совершенно новые идеи и подходы. Интересно было бы узнать.
И снова зеркало
Современная космология показала, что все элементы периодической системы после гелия возникают в звездах, за исключением тяжелых; те рождаются при взрывах сверхновых. Рассеиваясь в космосе и затем слипаясь в планету, элементы создают возможность появления сложных химических веществ, а значит, и жизни. Как пела на Вудстокском фестивале Джони Митчелл, «мы – звездная пыль».
Мартин Риз, британский королевский астроном и популяризатор науки, наделенный очаровательно-шаловливым характером, тоже имеет что сказать по данному поводу. Он обожает уверять всех, что мы – ядерные отходы.
Вероятно, он не имеет в виду, что мы – просто бесполезный мусор, а не замечательный продукт сложнейшего процесса. Нет-нет: он имеет в виду, что факты не говорят сами за себя. Ученые описывают, что происходит, как только они сумеют разобраться. А тогда уж мы придаем этим описаниям тот смысл, какой можем. Или, по крайней мере, выбираем те интерпретации, которые кажутся нам наиболее убедительными.
Так происходит, когда череда новых открытий возбуждает широкий общественный интерес, к примеру, недавние находки касательно жизни, обитающей в нас и на нас. Однако невозможно превратить академические статьи, написанные научным языком, в занимательные сюжеты, понятные для всех, хотя многие и пытаются это делать. Взять хотя бы бурный поток невиданных метафор, сопутствовавший появлению первых сообщений о результатах микробиомных исследований нового уровня. Тут и «инопланетяне внутри нас», и «бактериальная нация», и «легион миниатюрных помощников», и «наши бактериальные приятели», микробные автографы, бактериальные отпечатки пальцев, новое «расширенное Я». Ученые становились авторами этих образов не реже, чем журналисты[196].
Я подбираюсь к концу экспедиции по моему «расширенному Я». Какую историю о себе я могу поведать? Дайте-ка мне снова на себя взглянуть, уже зная кое-что о микроскопических взаимодействиях, которые тоже составляют часть меня.
Вот он я, снова перед зеркалом. Что изменилось? Это старое тело выглядит таким же. Может быть, я стал иначе о нем думать, иначе воспринимать его? Пожалуй, да.
А если точнее описать эту перемену в восприятии? В каком-то смысле мое тело теперь кажется мне более живым. Звучит странновато даже для меня самого. Я ведь и прежде явно чувствовал себя живым. Попытаюсь объяснить (хотя бы сам себе), что я имею в виду.
Прежде я представлял себя какой-то одной большой вещью – взрослым человеком, кучей плоти, которая неуклонно идет к тому, чтобы стать трупом, но пока еще ого-го. Поздний бэби-бумер, к тому же книгочей. Познавший удачу. Ощущавший здоровье. Мужчина. Я редко думал о своем теле как таковом. Получив первые научные знания в области биохимии, я надолго остался заворожен изысканной красотой молекулярных механизмов. Я воспринимал их как живые механизмы из многих деталей, которые необходимо поддерживать в рабочем состоянии и которые получают нужные объекты на входе и выдают определенные объекты на выходе. Что происходит с этими объектами внутри? Главным образом химические процессы. Объекты на входе интересуют меня, поскольку пища – штука славная. Объекты на выходе интересуют меня не так сильно – за исключением тех моментов, о которых не говорят в приличном обществе: скажем, нежданных вспышек детской радости от производства какашки особенно изысканной формы. Радость длится секунду-две, а затем слышен шум спускаемой воды, уносящей ваше произведение. Что происходит между входом и выходом? Расщепление пищи на маленькие молекулярные компоненты, прелюдия к созданию из них молекул для меня. Процесс, вкратце описываемый на гигантских схемах, украшающих стены кабинетов биохимиков и озаглавленных «Промежуточный метаболизм».
В 1970-е годы биология принесла новости, перетряхнувшие эти представления. Удалось получить убедительные доказательства того, что митохондрии, эти энергогенерирующие органеллы в клетках эукариот, происходят от древних бактерий, которые нашли новый способ жить внутри других клеток. Эти доказательства породили новую картину жизни многоклеточных организмов, в том числе и нас самих. Человек по-прежнему представлял собой гигантский ансамбль сотрудничающих друг с другом клеток, но выяснилось, что каждая из них дает приют другим существам, объектам и сущностям – своеобразным мини-клеткам, в чем-то неполноправным, зато с собственными небольшими наборами генов и четко различимыми мембранами, со своей аппаратурой для синтеза белков. Вместе с великим эссеистом Льюисом Томасом я дивился тому, что казалось «очень большой подвижной колонией дышащих бактерий, орудующих сложной системой ядер, микротрубочек и нейронов для блага и удовольствия своих семейств».
Поразительная мысль! Однако ее легко выкинуть из головы. В конце концов эти мириады эндосимбионтов давно утратили способность к самостоятельному, независимому существованию. Мы поддерживаем с ними столь тесную и древнюю связь, что моя интуиция по-прежнему убеждает своего носителя в том, что они – часть меня, а не какая-то отдельная колония, живущая со мной вместе. Выяснение происхождения митохондрий (похожая история с хлоропластами в листьях растений) заставляет удивляться чудесам эволюции. Но знание о том, что мне сопутствуют эти невидимые пассажиры, остается довольно абстрактным.
А вот с микробиотой дело другое. Мне все равно не разглядеть ее отдельных представителей. Но я знаю, что они постоянно прибывают, размножаются и отбывают. Я ощущаю себя более обитаемым. Велико искушение согласиться с мыслью, что всех этих микробов, живущих во мне и на мне, следует воспринимать как «разумных существ, загнанных в громадные колонии, запертых внутри большого организма, к тому же формируемых окружающим миром, ибо они общаются с ним посредством сложных процессов, благодаря которым вслепую, словно бы по волшебству, рождается функция»[197]. Да, все почти так.
Меня в очередной раз поразил размер этих колоний. Честно говоря, мне трудно вообразить, как выглядит килограмм микробной жижи в моей толстой кишке, но меня впечатляет информация о том, что мои (обычно имеющие четкую форму) испражнения по весу наполовину состоят из микробов. Если считать себя отчасти биореактором, то я – агрегат довольно производительный.
Само это количество наводит на мысль, что микробиом просто обязан иметь какое-то отношение к моему самочувствию – хорошему или плохому. Ученые на все лады твердят о взаимодействиях между моими тканями и триллионами более мелких (по сравнению с моими) клеток, которые в них живут. И это меняет мои представления о собственном Я.
Начнем с того, что теперь я уже не только механическое или химическое существо, хотя известно, что все происходящие во мне взаимодействия по-прежнему управляются молекулами. Тот факт, что я предоставляю среду обитания широкому спектру других видов, чьи популяции увеличиваются и уменьшаются в ходе борьбы видов за ресурсы, наполняет мою внутреннюю жизнь событиями весьма особого рода.
Конечно же, все это вызывает ощущение, что мне следует обращать больше внимания на то, что попадает в систему (то есть на ее вход). Я не просто заправляюсь топливом (или даже сырьем и микроэлементами), дабы автоматические чудеса химического расщепления и биосинтеза могли конструировать новые клетки (хотя и это я по-прежнему проделываю). Я ем, чтобы кормить свою микробиоту, а иногда в процессе еды прибавляю к микробиоте что-то новое. Совсем другие ощущения. Урчание в животе, которое я слышу, лежа в постели после сытного обеда, теперь не кажется мне всего лишь проявлением перистальтического сокращения кишечных мышц, обеспечивающих успешное прохождение пережеванной пищи. Это звуки перемешивающих устройств моего главного биореактора.
Но не только. Это еще и шум экосистемы – одной из нескольких экосистем, с которыми я теперь вынужден считаться. Экосистема и организм – разные вещи. Раньше я представлял себе все экосистемы как нечто внешнее по отношению ко мне самому. Внутренняя экосистема – совсем другое дело. Может, она и сама охотно регулирует себя без всякой опеки или внимания с моей стороны. Но я склонен хотя бы чуть-чуть думать о ней, когда я ем, пью, занимаюсь физическими упражнениями или принимаю лекарства.
Впрочем, мне все-таки кажется, что «биореактор» или «экосистема» – не самые интересные образы для представления моего расширенного микробного ансамбля. Некоторые утверждают, что я вместе со своими микробами составляю некую новую разновидность биологического объекта, заслуживающую отдельного терминологического названия: я – холобионт. Думаю, вряд ли этот термин привьется. Нет-нет, мой вывод таков: на самом деле я – суперорганизм.
Этот термин уже неоднократно появлялся в некоторых биологических контекстах, иной раз вдохновленных открытиями в области микробиологии. Так, суперорганизмом можно считать разные виды или штаммы бактерий, делящие друг с другом один и тот же генофонд, откуда все они могут черпать материал. Некоторые заявляют даже: генетический обмен на всех этажах жизни настолько распространен, что глобальное сообщество геномов можно рассматривать как своего рода гигантский суперорганизм (не путать с планетарным организмом – Геей)[198].
Все это не очень передает идею суперорганизма, которую я теперь исповедую. Это идея о смеси одного высокоорганизованного клеточного сообщества, эукариотического, многоклеточного Я, с невообразимо громадным числом других, более мимолетных живых сущностей, которые предпочли жить вместе, чтобы поддерживать существование чего-то большего – такого, чему трудно подобрать точное определение.
Как же осознание себя суперорганизмом влияет на повседневное самоощущение? Я никакой не супер в смысле превосходства над кем-то. Мой новый статус суперорганизма означает для меня лишь принятие идеи, что каждое другое многоклеточное – тоже в какой-то мере суперорганизм. Однако этот статус побуждает меня восхищаться тем, как в процессе эволюции жизнь объединила большое и малое, связав их самыми тесными узами. У того Я, что является суперорганизмом, более размытые границы, нежели у тела, которое не имело бы микробной нагрузки. Я-суперорганизм складывается, вероятно, под более сильным воздействием случайности. Такое Я менее стабильно, чем мы привыкли думать. В каких-то отношениях это зыбкая сущность, ускользающая от понимания. Она мерцает и переливается, то как будто позволяя увидеть себя вполне ясно, то вдруг незаметно превращаясь во что-то несколько иное. Но она больше связана с остальным миром (особенно с миром биологическим), чем мне казалось раньше. То же самое касается и всех остальных существ на нашей планете, ведь они тоже представляют собой суперорганизмы.
Меня поражает и то, насколько суперорганизм моего типа отличается от просто организма. Организму можно дать вполне четкое биологическое определение. У него есть части, и целое – больше, чем просто сумма этих частей. Все они координируются взаимодействиями, удерживающими целое в нормальном состоянии. Отклонения от заведенного порядка обычно означают болезнь. К примеру, на клеточном уровне злокачественную опухоль можно считать частью человека: у него с ней общий геном по крайней мере на ранних стадиях ее развития. Но ее интересы, некогда общие с человеческими, постепенно начинают сильно от них отличаться. Если опухоль удастся удалить и если она принадлежит к разновидности, почти не оставляющей после себя зримых телесных изменений, то после операции человек скорее будет чувствовать, что его Я восстановилось, а не уменьшилось.
Кое-что из этой идеи всевластного целого можно перенести на еще один тип «суперорганизма»: иногда данный термин применяют к общественным насекомым (а изредка и к млекопитающим – привет, сурикаты!), генетически связанным между собой и функционирующим как единая сущность. С некоторых точек зрения их можно рассматривать как единый организм с отделяемыми частями, каждая из которых по отдельности не обладает жизнеспособностью. Состав таких суперорганизмов также легко определить. К примеру, мы можем узнать, какая пчела из какого улья прилетела.
Совсем иное дело – социальный организм, который попадает в поле зрения при изучении нашего Я в увязке с нашим микробиомом и при попытке мысленно собрать эту систему заново. Не все наши микробы удается точно классифицировать или зафиксировать: конкретный состав популяционной смеси чрезвычайно изменчив и в какой-то степени зависит от случайных событий и от времени. Это вольное сотрудничество, партнеры в котором постоянно меняются[199]. Многие из входящих в него видов или наборов видов с удовольствием жили бы где-то в другом месте. Может показаться, что они служат какой-то более масштабной цели, когда, к примеру, обитают у меня в кишечнике, однако на самом деле бактерии растут и размножаются там, поскольку их устраивает такой образ жизни. Состав и поведение всей этой компании очень трудно предсказать, и ее стабильность может в любой момент нарушиться. Когда я умру, некоторые из бактерий, которыми я питался при жизни, с очаровательным безразличием микробов станут в свою очередь питаться мною. Мы связаны, но наши судьбы отнюдь не являются такими уж неразрывными[200].
Еще одно серьезное изменение в моем восприятии себя то, как я теперь учусь думать о роли иммунной системы в осуществлении этих связей. Представление об ее функционировании как о ведении боевых и разведывательных операций никогда меня толком не убеждало. Похоже, я давно ждал именно такого объяснения, которое сейчас постепенно формируется учеными, всерьез исследующими, как мы уживаемся с таким сложным микробиомом.
Я ловлю себя на том, что теперь представляю себе иммунную систему, другие клетки и ткани, микробиом и даже мозг как участников постоянного разговора. Обычно это беззаботный шепот где-то на заднем плане, болтовня клеток на вечеринке. Но время от времени темп разговора нарастает, и когда общество по-настоящему возбуждается, вспыхивают споры, а порой и более серьезные перепалки. Иногда возникают ужасные случаи недопонимания. Во всем этом, по-видимому, больше нюансов, чем в предыдущих описаниях той же системы. Разговоры могут вестись на большом расстоянии. Обычно они сводятся лишь к чему-то вроде: «Как ты там, все нормально? – Ага, все в порядке. – Ну ладно». Иногда слышится такое: «Думаю, тебе интересно будет к этому присмотреться», а порой доходит и до такого: «Похоже, у нас вот-вот будут неприятности, вот в этом месте, пришлите помощь, пожалуйста!» или даже до «Опасность! Уничтожить! Искоренить!» Но гораздо чаще все стараются быть предельно вежливыми, потому что им хочется избежать неприятностей.
Впрочем, это лишь мои фантазии. К тому же неизвестно, могу ли я влиять на это общение. Я не говорю на их языке, да и речь их едва слышна. Однако, по-моему, важно хотя бы просто признавать, что такое общение происходит.
Это общение соединяет меня с микробной жизнью, а значит, и со всей прочей. Другие связи с ней я теперь ощущаю гораздо острее, чем прежде, – в моих клетках (где есть митохондрии), в моих генах (где есть генетические фрагменты, уцелевшие от бактериальной живности в ходе эволюции), в моем кишечнике (где есть бактерии, составляющие немаловажную часть более крупного клеточного сообщества).
Возможно, это могут быть связи с формами жизни, которые слишком малы, чтобы их разглядеть. Но я все равно рад, что мне выпало жить в эпоху, когда наука делает их видимыми. Товарищеский привет всем нам, суперорганизмам. Рад познакомиться.
И наконец… Да, мой микробиом можно рассматривать как нечто, позволяющее мне теснее соединяться с прочими живыми существами. Тут уместен грандиозный и очень привлекательный образ, который мне очень нравится. Приятно ощущать суперорганизм как неплотно сплетенную сеть, объединяющую все живое на Земле посредством микробного и вирусного обмена, а иногда, при случае, и обмена генетического. Когда-то я написал книжку о Джиме Лавлоке и его гипотезе Геи[201]. Хотя мне, признаться, не по душе концепция Геи как некоего шедевра планетарной саморегуляции, я остро чувствую различия между этой живой планетой и другими – неживыми. Хорошо быть частью живого!
Впрочем, такое осознание позволяет прийти к очаровательному локальному упрощению для решения некой запутанной проблемы. Речь идет о практическом культивировании микробиома, который является крошечным узелком этой глобальной сети. Мне снова приходит на ум вклад Грэма Рука в гигиеническую гипотезу и его идея о том, что нам необходимо поддерживать знакомство со своими микроскопическими «старыми друзьями». Он настаивает, что отличное место для этого – всякие зеленые пространства. Значит, нужно быть поближе к листьям и почве, к птицам и насекомым? Не обязательно.
Ведь микробы, в конце концов, есть повсюду. Возьмите хоть их популяции, обитающие в воздухе, предлагает Рук. Бактерии, которые имеются в почве и воде, в изобилии присутствуют и в атмосфере. В частности, они содержатся в почве и воздухе крупных городов[202]. Между прочим, в почве нью-йоркского Центрального парка (ну да, у него немалая площадь) при недавнем анализе обнаружили целых 170 тысяч видов микробов[203]. В одном кубическом метре воздуха над газонами и кустами может содержаться миллион живых организмов. А средний человек вдыхает 8 кубометров в день. Так что, может, мне вообще забыть обо всех этих пребиотиках и пробиотиках? Может, больше не думать о том, стоит ли завести собаку из соображений роста микробного разнообразия? Достаточно лишь зайти в парк за углом – и немного там подышать.
Благодарности
Многие люди помогали мне уже тем, что упоминали какие-то интересные вещи, которые можно почитать, посмотреть или послушать. Всем спасибо. Еще более глубокая признательность тем, кто читал черновики этой книги, целиком или частично, и давал попутные комментарии. Это помогало мне делать текст более связным или читаемым (в идеале – одновременно усиливать оба параметра). Если я где-то все-таки бью мимо цели, в этом не их вина.
Спасибо вам за читательские отклики, Маргарет Бушелл, Корра Бушелл, Ник Лейн, Николас Уоллер, Джек Стилгоу, Питер Уошер, Питер Д. Смит, Таня Хершман, Лиз Калахер, Энди Экстенс, Кендра Браун, Тим Хейс, Дэвид Кэмерон (нет, не тот), Маргарет Макфол-Нгаи, Фелисити Меллор (перечислено без особой системы). За то же самое спасибо целой банде Тёрни, у которых меньше шансов в ближайшее время стать добычей тленья, чем у меня. Элеанор, Кэтрин, Даниэла, Майк, Дэвид, спасибо вам всем.
Группа в Icon, превратившая черновик в реальную книгу, также способствовала разнообразным улучшениям текста. Спасибо вам за это и многое другое, Дункан Хис, Роб Шерман, Эндрю Фарлоу и все-все-все.
Как обычно, спасибо моему агенту Луизе Гринберг и авторам незаменимого софта, помогавшего мне управляться с этим материалом; среди таких программ назовем здесь Scrivener, Evernote, Dropbox и активно использовавшуюся ближе к финальным стадиям работы систему поиска по всем «макинтошам» в нашем хозяйстве.
А поскольку в разделе «Благодарности» редко говорят спасибо помощникам, чье количество исчисляется триллионами, хочется выразить признательность всем моим незримым сотрудникам-микробам, которые дали возможность этому суперорганизму протянуть достаточно долго, чтобы написать очередную книгу.
И спасибо тебе, Даниэла, за все остальное.
Библиография
Aagaard, Kjersti, et al (2014). The Placenta Harbors a Unique Microbiome. Science Translational Medicine // 6: 237.
Abeles, Shiar and David Pride (2014). Molecular Bases and Role of Viruses in the Human Microbiome. Journal of Molecular Biology, 07.002.
Adler, Christina, et al (2012). Sequencing ancient calcified dental plaque shows changes in oral microbiota with dietary shifts of the Neolithic and Industrial Revolutions. Nature Genetics, 45: 450–455.
Alcock, Joe, et al (2014). Is eating behaviour manipulated by the gastrointestinal microbiota? Evolutionary pressures and mechanisms. Bioessays, 36: 201400071.
Allen, Stephen (2013). Lactobacilli and Bifidobacteria in the prevention of antibiotic-associated diarrhoea and Clostridium difficile diarrhoea in older patients (PLACIDE): a randomised, double-blind, placebo-controlled, multicentre trial. The Lancet, 382: 1249–1257.
Azad, M. (2014). Infant antibiotic exposure and the development of childhood overweight and central adiposity. International Journal of Obesity, doi: 10.1038/ijo. 2014.119.
Azad, Meghan, et al (2013). Gut microbiota of healthy Canadian infants: profiles by mode of delivery and infant diet at 4 months. Canadian Medical Association Journal, 185: 385–394.
Bach, J. (2002). The effect of infections on susceptibility to autoimmune and allergic diseases. New England Journal of Medicine, 347: 911–20.
Bain, Robert, et al (2014). Global assessment of exposure to faecal contamination through drinking water based on a systematic review. Tropical Medicine and International Health. 19: 917–927.
Bakalar, Nicholas (2003). Where the Germs Are: A Scientific Safari. John Wiley.
Barr, Jeremy, et al (2013). Bacteriophage adhering to mucus provide a non-host-derived immunity. Proceedings of the National Academy of Sciences. 110: 10771–10776.
Belkaid, Yasmine, and Timothy Ward (2014). Role of the Microbiota in Immunity and Inflammation. Cell, 157: 121–141.
Bercik, P., et al (2011). The intestinal microbiota affect central levels of brain-derived neurotropic factor and behavior in mice. Gastroenterology, 141:599–609.
Bested, Alison, et al (2013). Intestinal microbiota, probiotics and mental health: from Metchnikoff to modern advances. Part 1 – autointoxication revisited. Gut Pathogens, 5: 5.
Bianconi, Eva, et al (2013). An estimation of the number of cells in the human body. Annals of Human Biology, 40: 463–471.
Bjarnadottir, T. K. et al (2006). Comprehensive repertoire and phylogenetic analysis of the G protein-coupled receptors in human and mouse. Genomics, 88: 263–73.
Blaser, Martin (2014). Missing Microbes: How Killing Bacteria Creates Modern Plagues. Oneworld.
Bollinger, R. R., et al (2007). Biofilms in the large bowel suggest an apparent function of the human vermiform appendix. Journal of Theoretical Biology. 249: 826–831.
Borre, Yuliya, et al (2014). Microbiota and neurodevelopmental windows: implications for brain disorders. Trends in Molecular Medicine, XX, 1–10.
Bosch, Thomas (2012). What Hydra has to say about the role and origin of symbiotic interactions. Biological Bulletin, 223: 78–84.
Bosch, Thomas (2013). Cnidarian – Microbe Interactions and the Origin of Innate Immunity in Metazoans. Annual Review of Microbiology, 67: 499–518.
Brandl, K., et al (2008). Vancomycin-resistant enterococci exploit antibiotic-induced immune deficits. Nature, 455: 804–7.
Brodie, Eoin, et al (2007). Urban aerosols harbor diverse and dynamic bacterial populations. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104:299–304.
Callewaert, Chris, et al (2014). Deodorants and antiperspirants affect the axillary bacterial community. Archives of Dermatological Research, 1007/s00403–014–1487–1.
Can, Ismail, et al (2014). Distinctive thanatomicrobiome signatures found in the blood and internal organs of humans. Journal of Microbiological Methods, 106:1–7.
Cao, Xinyi, et al (2013). Characteristics of the gastrointestinal microbiome in children with autism spectrum disorder: a systematic review. Shanghai Archives of Psychiatry. 25: 342–353.
Ciorba, Matthew (2012). A Gastroenterologists’s Guide to Probiotics. Clinical Gastroenterology and Hepatology, 10:960–968.
Claesson, M., et al (2012). Gut microbiota composition correlates with diet and health in the elderly. Nature, 488: 178–84.
Clemente, Jose, et al (2012). The Impact of the Gut Microbiota on Human Health: An Integrative View. Cell, 148, March.
Collins, Stephen (2012). The interplay between the intestinal microbiota and the brain. Nature Reviews Microbiology. 10: 735–742.
Colson, P., et al (2010). Pepper mild mottle virus, a plant virus associated with specific immune responses, fever, abdominal pains, and pruritus in humans. PLoS One, 2010;5:e10041.
Colson, P., et al (2013). Evidence of the megavirome in humans. Journal of Clinical Virology, 57: 191–200.
Conrad, Peter (1999). A mirage of genes. Sociology of Health and Illness, 21, 228–241.
Courage, Katherine (2014). Why Is Dark Chocolate Good for You? Thank Your Microbiome. ScientificAmerican.com March 19.
Cox, Laura, and Martin Blaser (2013). Pathways in Microbe-Induced Obesity. Cell Metabolism, 17: 883–894.
Cressey, Dan (2014). Microbiome science threatened by contamination – Non-sterile sequencing returns rogue results in dilute microbiome samples. Nature News, 12 November. doi: 10.1038/Nature. 2014.16327.
Dalmasso, Marion, et al (2014). Exploiting gut bacteriophages for human health. Trends in Microbiology, 22: 399–405.
Daston, Lorraine, and Elizabeth Lunbeck, eds (2011). Histories of Scientific Observation. Chicago University Press.
David, Lawrence, et al (2014). Host lifestyle affects human microbiota on daily timescales. Genome Biology, 15/7/R89.
De Filippo, C., et al (2010). Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proceedings of the National Academy of Sciences. 107: 14691–14696.
De Vrieze, Jop (2013). The Promise of Poop. Science, 341: 954–957.
Dennehy, John (2014). What Ecologists Can Tell Virologists. Annual Review of Microbiology, 68: 117–35.
Dickson, Robert, et al (2014). Towards an ecology of the lung: new conceptual models of pulmonary microbiology and pneumonia pathogenesis. The Lancet Respiratory Medicine, 2: 238–246.
Ding, Tao and Patrick Schloss (2014). Dynamics and associations of microbial community types across the human body. Nature, 509: 357–360.
Donahue, Dallas, et al (2011). The Microbiome and Butyrate Regulate Energy Metabolism and Autophagy in the Mammalian Colon. Cell Metabolism, 13: 517–5269.
Dong, Q., et al (2011). Diversity of bacteria at healthy human conjunctiva. Investigations in Ophthalmology and Vision Science, 52: 5408–13.
Donia, Mohamed, et al (2014). A Systematic Analysis of Biosynthetic Gene Clusters in the Human Microbiome Reveals a Common Family of Antibiotics. Cell, 158: 1402–1414.
Duerkop, Breck, et al (2012). A composite bacteriophage alters colonization by an intestinal commensal bacterium. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109, 17621–17626.
Dunne, J., et al (2014). The intestinal microbiome in type 1 diabetes. Clinical & Experimental Immunology, 177: 30–37.
Dunn, Rob (2011). The Wild Life of Our Bodies – Predators, Parasites, and Partners That Shape Who We Are Today. HarperCollins.
Dutilh, Bas, et al (2014). A highly abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal metagenomes. Nature Communications, 5: 4498.
Eberl, G. (2010). A new view of immunity: homeostasis of the superorganism. Mucosal Immunology, 3: 450–460.
Eiseman, B., et al (1958). Fecal enema as an adjunct in the treatment of pseudomembranous colitis. Surgery, 44:854–859.
Erdman, S., and T. Poutahadis (2014). Probiotic ‘glow of health’: it’s more than skin deep. Beneficial Microbes, 5: 109–119.
Eren, A. Murat, et al (2014). Oligotyping analysis of the human oral microbiome. Proceedings of the National Academy of Sciences, June 25, E2875–2884.
Erickson, Alison, et al (2012). Integrated Metagenomics/Metaproteomics Reveals Human Host – Microbiota Signatures of Crohn’s Disease. PloS One. 7: e49138.
Everett, M. L., et al (2004). Immune Exclusion and Immune Inclusion: a New Model of Host – Bacterial Interactions in the Gut. Clinical and Applied Immunology Reviews. 5: 321–332.
Fierer, Noah, et al (2010). Forensic identification using skin bacterial communities. Proceedings of the National Academy of Science, 107: 6477–6481.
Foster, Jane, and Karen-Anne Neufeld (2013). Gut – brain axis: how the microbiome influences anxiety and depression. Trends in Neurosciences, 36: 305–312.
Fowler, R. (1986). Howard Hughes: A psychological autopsy. Psychology Today, May, 22–33.
Freddolino, Peter, and Saeed Tavazoie (2012). The Dawn of Virtual Cell Biology. Cell, 150: 248–251.
Funkhouser, Lisa, and Seth Bordenstein (2013). Mom Knows Best: The Universality of Maternal Microbial Transmission. PloS Biology. 11: e1001631.
Furusawa, Yukihiro, et al (2013). Commensal microbe-derived butyrate induces the differentiation of colonic regulatory T-cells. Nature, 504: 446–450.
Ganapathy, Vadivel, et al (2013). Transporters for short-chain fatty acids as the molecular link between colonic bacteria and the host. Current Opinion in Pharmacology, 13: 869–874.